El 2 de enero de 2009 las aguas andaluzas del Guadalquivir pasaron a ser gestionadas por la Junta de Andalucía. Culminó así un difícil proceso negociador que arrancó con la aprobación del nuevo Estatuto de Autonomía en febrero de 2007 y que aún pende de una decisión judicial, ya que el Tribunal Constitucional aún no se ha pronunciado sobre el recurso que presentó la Junta de Extremadura sobre este asunto. El Guadalquivir llega a manos de la Junta con un incremento presupuestario de 120 millones, a lo que hay que sumar la gestión de 500 millones provenientes de los fondos europeos, y la Agencia Andaluza del Agua, que gestionará el río, duplica su personal con la incorporación de 730 trabajadores provenientes de la Confederación Hidrográfica del Guadalquivir (CHG). El acuerdo logrado entre Estado y Junta se basa en el principio de cooperación, dejando la planificación hidrológica en la CHG, que actualmente redacta el nuevo Plan Hidrológico de la cuenca que debe estar terminado antes de que concluya 2009. Este documento será el que asigne el volumen del agua del Guadalquivir que le corresponde a Andalucía y, a partir de ahí, ésta podrá otorgar las concesiones de los recursos hídricos y gestionar 53 de los 57 grandes embalses con los que cuenta la demarcación.

La culminación de este traspaso, que llegó seis meses después del calendario anunciado en los acuerdos que firmaron la Junta y el Gobierno central en noviembre de 2007 en Cazorla, permite al Ejecutivo autonómico alcanzar una vieja aspiración: poder ejercitar su propia política de aguas. Y es que la Agencia Andaluza del Agua, que depende de la Consejería de Medio Ambiente, puede ya gestionar el 99,7 por ciento del consumo de este recurso en la comunidad. Un logro que comenzó a fraguarse cuando en 2005 se transfirió la Cuenca Hidrográfica del Sur, hoy Cuenca Mediterránea, y que continuó en 2006 con el traspaso de las cuencas de los ríos Guadalete y Barbate (Cádiz) y Tinto, Odiel, Piedras y Chanza (Huelva), agrupadas en la Cuenca Atlántica.

Esta nueva dirección de la política de los recursos hídricos quedó plasmada en el mes de diciembre de 2008 con la aprobación del Acuerdo Andaluz del Agua, un texto promovido por la Junta y surgido del debate con los distintos agentes sociales y económicos. Éste incluye, entre otros compromisos, lograr el buen estado de todas las aguas continentales andaluzas antes de que culmine 2015, un objetivo al que obliga la normativa europea y que actualmente parece prácticamente imposible de lograr por los problemas de vertidos urbanos y la contaminación difusa por la actividad agrícola. El acuerdo también traerá consigo la implantación en los próximos años de un nuevo modelo de facturación, basado en el modelo volumétrico para todos los usuarios, incluido los agricultores. La meta es lograr un precio homogéneo adecuado a cada uso y obtener una administración eficiente que logre sacar la gestión del agua de un modelo estancado y excesivamente burocrático. Todo esto deberá plasmarse a lo largo de 2009 con la aprobación por el Parlamento de la primera Ley Andaluza de Gestión Integral del Agua.